Congés de maladie et temps partiel thérapeutique des fonctionnaires territoriaux

Le 27 août, 2026

Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026

Le décret modifie le régime des congés pour raisons de santé applicable aux agents publics. Son article 3 concerne notamment le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 applicable aux fonctionnaires territoriaux.

Principales modifications

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, modifie les règles applicables aux fonctionnaires et agents contractuels en matière de temps partiel thérapeutique et de congés pour raisons de santé.

Il poursuit plusieurs objectifs : mieux encadrer les procédures, sécuriser les prescriptions d’arrêt de travail, renforcer les contrôles et favoriser la réadaptation ainsi que le retour à l’emploi.

1. Temps partiel thérapeutique (TPT)

Nouvelles règles à compter du 1er août 2026

La procédure d’instruction des demandes de temps partiel thérapeutique est davantage encadrée. Les nouvelles dispositions s’appliquent aux demandes initiales et aux renouvellements à compter du 1er août 2026.

La réforme concerne essentiellement la procédure. Restent inchangés :

  • les conditions médicales d’accès au TPT ;
  • les quotités de travail ;
  • les règles de rémunération ;
  • les règles de rechargement des droits ;
  • la durée maximale totale du TPT, qui demeure fixée à un an.

Délai de décision

L’autorité territoriale dispose désormais d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande pour prendre sa décision.

Lorsque la demande est présentée à l’issue :

  • d’un congé de longue maladie (CLM) ;
  • d’un congé de longue durée (CLD) ;
  • d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ;
  • d’une disponibilité pour raison de santé (DORS),

la décision doit intervenir au plus tard au jour de la reprise.

Cette règle s’applique également en cas de renouvellement de l’autorisation.

Durée de l’autorisation

Auparavant, le TPT était accordé et, le cas échéant, renouvelé par périodes d’un à trois mois dans la limite d’une année.

Désormais, l’autorisation peut être accordée dans la limite d’une année, sans périodicité obligatoire d’un à trois mois.

Contrôle par un médecin agréé

Le recours au médecin agréé n’est plus systématiquement exigé pour les prolongations de TPT au-delà de trois mois.

L’autorité territoriale conserve néanmoins la possibilité de faire examiner l’agent par un médecin agréé à tout moment, y compris lors de l’examen de la demande initiale.

Point de vigilance : l’absence injustifiée du fonctionnaire à cet examen vaut désistement de sa demande de TPT.

Refus ou interruption du TPT

Les décisions de refus d’une demande initiale ou de renouvellement ainsi que les décisions d’interruption du TPT à l’initiative de l’autorité territoriale doivent être motivées.

Lorsque la décision repose sur les nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, elle doit être précédée d’un entretien avec l’agent, qui peut se faire assister par la personne de son choix.

Lorsqu’un refus repose sur un motif médical, la décision ne peut intervenir qu’après avis préalable d’un médecin agréé.

2. Contestation des conclusions du médecin agréé

Le décret sécurise la situation de l’agent lorsqu’une contestation intervient alors qu’un TPT est déjà en cours.

Lorsque l’agent ou l’autorité territoriale conteste les conclusions du médecin agréé, les droits de l’agent au TPT sont maintenus jusqu’à ce que le conseil médical siégeant en formation restreinte ait rendu son avis.

L’agent conserve donc le bénéfice du dispositif pendant l’instruction de la contestation.

3. Évolution du rôle du conseil médical

Renouvellement des CLM et CLD

La saisine pour avis du conseil médical en formation restreinte est supprimée en cas de renouvellement d’un CLM ou d’un CLD après épuisement de la période rémunérée à plein traitement.

Cette évolution allège la procédure applicable à ces renouvellements.

Contestation devant le conseil médical supérieur

La possibilité de contester devant le conseil médical supérieur un avis rendu par le conseil médical en formation restreinte est également restreinte.

La contestation n’est plus possible lorsque l’avis du conseil médical en formation restreinte est concordant avec les conclusions du médecin agréé, dans les cas prévus par le décret.

4. Arrêts de travail : sécurisation des prescriptions

Nouvelles règles à compter du 1er septembre 2026

Le décret transpose à la fonction publique plusieurs mesures destinées à sécuriser les prescriptions d’arrêt de travail et à renforcer les contrôles.

Ces dispositions entrent en vigueur à compter du 1er septembre 2026.

Cerfa sécurisé

Les avis d’arrêt de travail doivent être établis au moyen d’un formulaire Cerfa sécurisé, notamment afin de lutter contre la fraude documentaire.

L’avis d’interruption de travail peut être dématérialisé.

Le Cerfa sécurisé doit également être présenté :

  • pour l’octroi ou le renouvellement d’un CLM ou d’un CLD ;
  • pour l’octroi d’un CITIS, lorsque l’accident ou la maladie entraîne une incapacité temporaire de travail.

Durée des prescriptions

La durée des prescriptions d’arrêt de travail est désormais plafonnée à :

  • 31 jours pour une première prescription ;
  • 62 jours pour une prolongation.

Des dérogations restent possibles lorsque la situation médicale de l’agent le justifie.

Prolongation et maintien de la rémunération

En cas de prolongation de l’arrêt initial, le maintien de la rémunération est, en principe, conditionné au fait que la prolongation soit prescrite par le prescripteur de l’arrêt initial.

Des exceptions sont prévues par les dispositions correspondantes du Code de la sécurité sociale.

Ce point appelle une vigilance particulière des services gestionnaires, puisqu’il ne s’agit plus uniquement de vérifier l’existence d’une prolongation, mais également les conditions dans lesquelles celle-ci a été prescrite.

Durée du CLM et du CLD

Le CLM ou le CLD peut désormais être accordé ou renouvelé, sur présentation d’un avis médical, dans la limite de six mois, alors qu’une durée comprise entre trois et six mois était auparavant prévue.

Demande de CITIS

Lorsque l’accident de service, l’accident de trajet ou la maladie professionnelle entraîne une incapacité temporaire de travail, le certificat médical joint à la demande de CITIS doit être accompagné de l’avis d’arrêt de travail établi selon les modalités prévues par le Code de la sécurité sociale.

5. Renforcement des contrôles administratifs

L’autorité territoriale peut faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail d’un fonctionnaire placé en :

  • CMO ;
  • CLM ;
  • CLD ;
  • CITIS.

Ce contrôle peut être effectué par toute personne dûment habilitée à cet effet.

Contrôle administratif et contrôle médical : deux procédures distinctes

Il convient de distinguer :

  • le contrôle médical, qui porte sur la situation médicale de l’agent et peut notamment impliquer un médecin agréé ;
  • le contrôle administratif, qui vise notamment à vérifier le respect par l’agent de ses obligations pendant son arrêt.

Le contrôle administratif peut ainsi porter sur la présence du fonctionnaire à son domicile ou sur son lieu de repos, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire.

Conséquences du refus ou de l’absence au contrôle

L’absence injustifiée du fonctionnaire ou son refus de se soumettre au contrôle administratif entraîne l’interruption du versement de sa rémunération jusqu’à la date de fin de l’arrêt.

Point important : la période pendant laquelle la rémunération est interrompue continue à être comptabilisée dans la période de congé en cours.

L’agent peut donc subir une interruption de rémunération sans que les jours concernés soient neutralisés dans le décompte de son congé.

Activité rémunérée pendant un congé

L’interdiction d’exercer une activité rémunérée est étendue aux agents placés en CMO et en CITIS.

Des exceptions demeurent, notamment pour :

  • les activités ordonnées et contrôlées médicalement par le médecin du travail dans le cadre de la réadaptation ;
  • les activités de production d’œuvres de l’esprit.

6. Réadaptation et reconversion professionnelle

Le décret développe les possibilités permettant à l’agent de préparer son retour à l’activité.

Sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé, un fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, CLM, CLD ou CITIS peut demander à réaliser ou poursuivre :

  • une action de formation ;
  • un bilan de compétences.

Ces dispositifs doivent permettre de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.

L’autorité territoriale dispose d’un délai de 30 jours pour se prononcer sur cette demande.

Examen médical à distance

L’examen médical du fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, CLM, CLD ou CITIS peut également être effectué à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication, dans le respect des conditions prévues par le Code de la santé publique.

7. Préparation à la reprise à compter du 1er janvier 2028

À compter du 1er janvier 2028, un nouveau dispositif vise à anticiper et faciliter le retour à l’emploi après une interruption prolongée pour raison de santé.

Au cours de toute interruption de travail dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra solliciter le médecin du travail afin :

  • de préparer les conditions et modalités de la reprise ;
  • d’étudier les mesures susceptibles de faciliter le retour au travail ;
  • d’envisager, le cas échéant, des actions de formation.

Le fonctionnaire pourra être assisté durant cette phase par une personne de son choix.

8. Point de vigilance – agents contractuels

Les nouvelles mesures sont également étendues et adaptées aux agents contractuels de droit public.

Toutefois, l’article 6 du décret n° 2026-705 semble comporter une erreur de renvoi : il fait référence aux articles 12, 13 et 14 du décret n° 88-145 du 15 février 1988 alors qu’il devrait vraisemblablement viser les articles 7, 8 et 9, relatifs respectivement :

  • au congé de maladie ;
  • au congé de grave maladie (CGM) ;
  • au congé pour accident du travail ou maladie professionnelle.

Ce point appelle donc une vigilance particulière dans l’application du texte aux agents contractuels.

Impacts pratiques pour les services RH

La réforme nécessite une adaptation des procédures internes de gestion des absences pour raison de santé.

Les services RH devront notamment :

  • Assurer la traçabilité de la date de réception des demandes de TPT, afin de respecter le délai de 30 jours ;
  • Anticiper les décisions de TPT lorsque la reprise intervient après un CLM, CLD, CITIS ou une disponibilité pour raison de santé ;
  • Mettre à jour les procédures relatives à l’intervention du médecin agréé ;
  • Adapter les modèles de décision de refus ou d’interruption du TPT afin d’en assurer la motivation ;
  • Contrôler, à compter du 1er septembre 2026, la conformité des avis d’arrêt de travail aux nouvelles exigences ;
  • Vérifier les plafonds de 31 jours pour la prescription initiale et 62 jours pour les prolongations ;
  • Porter une attention particulière à l’identité du prescripteur en cas de prolongation, compte tenu de ses conséquences potentielles sur le maintien de la rémunération ;
  • Adapter les procédures de contrôle administratif des agents en arrêt ;
  • Informer les agents des conséquences d’une absence injustifiée ou d’un refus de contrôle ;
  • Intégrer les possibilités de formation et de bilan de compétences pendant certains congés pour raison de santé ;
  • Préparer, à plus long terme, la mise en œuvre du dispositif de préparation à la reprise applicable à compter du 1er janvier 2028.

Tableau opérationnel – Avant / Après / Action RH

ThématiqueAvant la réformeÀ compter de la réformeAction RH à prévoir
Décision de TPTPrise d’effet liée à la réception de la demandeDélai maximal de décision de 30 joursEnregistrer précisément la date de réception et mettre en place une échéance de suivi
Durée du TPTPériodes d’un à trois moisAutorisation possible dans la limite d’un an sans périodicité obligatoireAdapter les modèles d’arrêtés et les outils de suivi
Médecin agréé et TPTIntervention systématique dans certaines prolongationsContrôle non systématique au-delà de trois mois, mais possible à tout momentActualiser les procédures de saisine du médecin agréé
Absence à l’examen médical du TPTL’absence injustifiée vaut désistement de la demandeInformer clairement l’agent dans les convocations
Refus/interruption du TPTEncadrement moins détailléDécision motivée et garanties procédurales renforcéesSécuriser juridiquement les décisions et les modèles de courrier
Arrêt de travailModalités antérieuresCerfa sécurisé à compter du 1er septembre 2026Vérifier la conformité du document transmis
Durée de prescriptionPas de plafonds identiques à ceux nouvellement instaurés31 jours initialement / 62 jours en prolongationParamétrer des alertes dans les outils de gestion
Prolongation de l’arrêtRégime antérieurMaintien de rémunération lié, en principe, au prescripteur de l’arrêt initialContrôler le prescripteur et identifier les exceptions applicables
CLM / CLDOctroi ou renouvellement entre trois et six moisPossibilité d’octroi ou de renouvellement jusqu’à six moisAdapter les procédures et documents de gestion
CITIS avec incapacité temporairePièces selon le régime antérieurCertificat médical accompagné de l’avis d’arrêt de travailActualiser la liste des pièces exigées
Contrôle administratifRégime antérieurPossibilité renforcée de contrôler la présence de l’agentDéfinir une procédure interne et les personnes habilitées
Refus/absence au contrôleInterruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêtInformer préalablement les agents et sécuriser la procédure
Formation pendant le congéPossibilités plus limitéesFormation ou bilan de compétences possible sous conditionsPrévoir une procédure de demande et respecter le délai de 30 jours
Préparation à la reprisePas de dispositif identiqueNouveau dispositif pour les interruptions dépassant 30 jours, à compter de 2028Anticiper l’articulation entre RH, médecin agréé et médecine du travail

Entrée en vigueur

DateDispositions concernées
1er août 2026Application des nouvelles dispositions relatives au temps partiel thérapeutique aux autorisations accordées ou prolongées à compter de cette date.
1er septembre 2026Entrée en vigueur des principales autres dispositions : arrêts de travail, Cerfa sécurisé, durée des prescriptions, CLM/CLD, CITIS, contrôles administratifs, formation et examens médicaux à distance.
1er janvier 2028Entrée en vigueur du dispositif de préparation à la reprise après une interruption de travail pour raison de santé dépassant 30 jours.

Point à vérifier : la mention relative au « déploiement du télécontrôle » au 1er août 2026 figurant dans la présentation complémentaire n’apparaît pas dans le document source analysé. Elle mérite donc d’être vérifiée dans le texte réglementaire avant intégration définitive.

À retenir

La réforme ne se limite pas à une modification technique des congés pour raison de santé. Elle renforce à la fois les garanties procédurales accordées aux agents et les moyens de contrôle de l’administration.

Pour les services RH, trois échéances structurent sa mise en œuvre : 1er août 2026 pour le TPT, 1er septembre 2026 pour l’essentiel des nouvelles règles relatives aux arrêts de travail et 1er janvier 2028 pour la préparation à la reprise. La priorité opérationnelle consiste donc à mettre à jour les procédures, modèles de décisions, circuits de contrôle et outils de suivi, tout en assurant une information claire des agents et des gestionnaires.

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